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초기단백질 시퀀싱은 DNA 또는 단백질 시퀀싱에 대한 사전 지식없이 아미노산 시퀀싱을 유도하는 과정입니다. 단백질/DAN 시퀀싱이 이미 알려져 있고 새로 구한 시퀀싱 데이터가 알려진 시퀀싱이 올바른지 확인하는데 사용되는 시퀀싱 확인과는 다른 개념입니다.

MS/MS가 수행하는 SGS의초기시퀀싱 서비스는 질량분석계내의 온전한 펩티드를 조각내어 구조적 정보를 밝혀냅니다. 또한, 이 방법 대신 Edman Chemistry 를 사용해 펩티드의 N단말로부터 아미노산을 순차적으로 분리하는 N단말 시퀀싱 작업을 통해 시퀀싱 작업을 수행하기도 합니다.

초기 시퀀싱은 프로테옴 유형 분석에서 알려지지 않은 단백질을 식별하는데 사용됩니다. 또 하나의 중요한 어플리케이션은 항체 가변 영역의 특성 분석입니다.

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